ntpdc pode fazer isso para você - especificamente os comandos addpeer e unconfig .
Basicamente atualize seu arquivo de configuração, então use ntpdc para adicionar os novos pares e remover ("desconfigurar") os antigos ( após o ntpd aceita os novos pares como candidatos sadios para sincronização!)
Você também deve considerar usar um dispositivo redundante (roteadores com HSRP ou máquinas unix com failover de alta disponibilidade / CARP / etc.) como sua origem NTP ou configurar mais de um par - não deseja que seus relógios fiquem insanos só porque um servidor de horário tem um problema ...