Os sintomas que você descreve apontam para conexões persistentes. Em algumas configurações, o PHP não lida muito bem com conexões persistentes: ele tende a abrir novas conexões em vez de reutilizar as existentes. Sugiro que você desative este recurso e veja se o problema persiste:
- No nível de código: encontre chamadas para mysql_pconnect () e substitua-as por mysql_connect () .
- No nível de configuração: encontre o mysql.allow_persistent diretiva e defini-lo como falso.
Se notar uma melhoria, pode tentar ajustar as chamadas persistentes ou eliminá-las permanentemente.