Se você estiver executando SLIP (ou, melhor, PPP), então você construiu uma rede IP através do seu cabo serial. Você atribui endereços IP (endereços privados RFC 1918 mais provável) em ambos os lados e usa o Synergy com esses endereços. Não haveria motivo para usar o encaminhamento de porta do PuTTY.
Claro, suas duas redes não estão mais isoladas. Especialmente se você manter o roteamento / encaminhamento desativado em ambas as máquinas, isso pode estar certo ou não, dependendo das políticas e necessidades de segurança.