O BitTorrent Sync pode fazer a ação por você. Eu estou usando para manter os arquivos em sincronia entre alguns servidores internos em minha casa e está fazendo o trabalho maravilhosamente. A outra coisa em que você precisará pensar é no banco de dados de back-end quando seu aplicativo usa um CMS. Certifique-se de que haja replicação do MySQL em andamento ou algo desse tipo.