É uma escolha pessoal, mas eu gosto de usar o RAID 5 para a maioria das minhas coisas. É bastante experimentado e comprovado e sempre tive boas experiências ao tentar reconstruí-lo ou recuperá-lo.
Vai depender muito de quanto espaço você precisa, da velocidade necessária, etc.
Confira este link para uma explicação mais detalhada dos vários níveis de RAID, etc:
Este link aqui pode ser um pouco melhor:
Selecionando o melhor nível de RAID
EDITAR:
Parece ser um monte de gente muito apaixonada pelo RAID 6 e eu concordo com todos os seus comentários, então resolvi atualizar minha resposta para incluir o seguinte:
Em um ambiente de produção com muitas unidades, eu escolheria o RAID 6 sobre o RAID 5.
Em um ambiente doméstico com (supondo) dados não críticos, sugeri o RAID 5. Eis minha linha de pensamento:
O RAID 6 requer que um segundo conjunto de cálculos de paridade seja feito para que os dados de duas falhas possam ser recriados.
Esse cálculo de paridade adicional afeta negativamente o desempenho de gravação. A questão é, quanto?
Alguns benchmarks mostraram que um controlador RAID pode sofrer uma queda de mais de 30% no desempenho geral de gravação no RAID 6 em comparação com uma implementação do RAID 5, enquanto o desempenho de leitura não é afetado.
Não me entenda mal, eu realmente gosto do RAID 6. Não tenho certeza se é necessário no cenário descrito acima.
Por outro lado ... você tem um servidor usado e (presumivelmente) quer experimentar e jogar com ele como se fosse um servidor de produção. Nesse caso ... vamos tratá-lo como um e ir com o RAID 6.
Uma outra coisa que não mencionei na minha resposta original, que eu deveria ter abordado, é seus outros dois drives do sistema operacional. Eu recomendo que você espelhe esses dois e coloque os seis drives no RAID 5 ou no RAID 6.
A escolha depende de você querer ou não a unidade de paridade extra.
Espero que isso satisfaça a todos. : -)