A inclusão de alumínio nos condutores diminui o custo para o fabricante. Se o cabo atender às várias especificações de impedância, crosstalk, etc. e o cabo for executado dentro das especificações (raio da dobra, proximidade à interferência, tensão), os materiais utilizados para o condutor não importarão.
A diferença física entre cat5e e cat6 tem a ver com o número de torções por polegada e, potencialmente, a inclusão de blindagem. O resultado dessas mudanças é que o cabo pode (minimamente) suportar maior largura de banda, especificamente 10GE neste caso. O outro cabo (5e) não é classificado para suportar esses tipos de velocidades, mas muito bem pode funcionar na prática.
Se você está olhando para o futuro para 10GE (ou mais), então vá para 6a ou 7. Se você está apenas configurando básico 100M ou GE, então não faz muita diferença. 5e e 6 são bastante próximos no preço. As distâncias envolvidas são bastante baixas, o que torna qualquer diferença teórica na melhor das hipóteses. Em suma? Não haverá qualquer benefício prático de qualquer forma.