Para um servidor, basta usar o sistema operacional de 64 bits
Em 2006, houve problemas ao obter drivers de dispositivos.
Você está falando de um servidor virtual, o que certamente não se aplica a você.
Todo o software que você deseja executar funcionará bem no sistema operacional de 64 bits
Os links abaixo são as seções relevantes da página da Wikipedia link
"In x86-64 architecture (AMD64), the majority of the 32-bit operating systems and applications are able to run smoothly on the 64-bit hardware."