O método RegisterTask tem um sinalizador de atualização que você usaria. Algo parecido com isto:
# Update the action with the new working directory and executable
$action.WorkingDirectory = $exe.DirectoryName
$action.Path = $exe.FullName
#Update Task
$taskFolder.RegisterTask($task.Name, $task.Definition, 4, "<username>", "<password>", 1, $null)
Veja o artigo do msdn para detalhes de cada parâmetro.