Sempre que faz sentido.
O FHS é ótimo para manter a consistência nas distribuições, enquanto você tem exceções específicas que precisam ser tratadas.
Se são algumas máquinas, monte-as onde fizer sentido. Se for muitas, crie sua própria política para sua empresa e documente-a (os padrões são ótimos, todos devem ter um).
Por exemplo, nós:
- monte os dados do Domino em
/var/dominodata
e/var/dominolog
- monte o Oracle em / 1, / 2, / 3 (ok, este é o cliente, não nós)
- oh, o Squid precisa de mais espaço? Monte um novo FS em
/var/spool/squid