Etckeeper é apenas um invólucro para mercurial ou git. Ele fornece alguns ganchos agradáveis nas ferramentas de gerenciamento de pacotes para obter automaticamente uma confirmação após as atualizações e, opcionalmente, em um agendamento. Esta funcionalidade adicional provavelmente não é necessária fora do / etc.
Dependendo das suas necessidades, eu usaria o vanilla git (ou qualquer outra ferramenta de controle de versão que você conheça). Se necessário, programe compromissos regulares através do cron ou como parte do processo de implantação do seu aplicativo.