Você limpa a lista de inodes órfãos não processados desmontando e remontando o sistema de arquivos.
Uma discussão estendida da lista de discussão linux-ext4 tem mais informações sobre o que é essa mensagem e por que ela pode aparecer. Em resumo, uma de duas coisas aconteceu: ou você se deparou com um bug do kernel, ou muito mais provavelmente, alguma corrupção do sistema de arquivos aconteceu uma das vezes em que você remontou o sistema de arquivos readonly. Qual é provavelmente porque o sistema pensa que algo ainda está usando o sistema de arquivos quando não há.
Se já passou um ano e você ainda não reinicializou a máquina, basta desistir e agendar uma janela de manutenção.