Houve uma mudança na forma como o Nautilus lida com arquivos executáveis por padrão. Anteriormente, ele perguntava o que fazer quando você clica duas vezes em um. Agora, ele tenta abrir o arquivo usando um aplicativo.
A caixa de diálogo onde você tem a opção de executar o arquivo, abra o Nautilus, vá para Edit → Preferences → Behavior
e alterne Executable Text Files
para Ask each time
. Este anteriormente era o padrão. Mas agora é "Ver arquivos de texto executáveis quando eles são abertos", o que significa que o Nautilus procura por um aplicativo para abrir o arquivo quando você clica duas vezes nele, mas não consegue encontrar um para esse tipo de arquivo.
Eu não recomendo alterná-lo para Run executable text files when they are opened
para que você não execute arquivos acidentalmente.