Para adicionar a resposta de Jeremy. A partição de disco integral (também conhecida como criptografia de disco rígido completa) é suportada apenas no Windows (Vista, XP, Server 2003 e Server 2008). Então, se você quiser criptografia completa de disco para Macintosh ou Linux, você é SOL.
Uma vantagem que a criptografia de arquivos tem sobre a partição / dispositivo é simplesmente o fato de você poder sincronizar esse arquivo entre os computadores. Aqui está um exemplo em que ele entraria para jogar:
Você tem um banco de dados KeePass, uma planilha com informações fiscais, outros documentos importantes e diversos que você deseja fazer backup em vários sistemas, mas deseja garantir que eles permaneçam seguros. Bem, você poderia criar um arquivo Truecrypt de 1 GB (ou qualquer outro tamanho) no qual possa armazenar essas coisas. Uma vez criado, você pode sincronizar o arquivo entre os computadores facilmente usando um produto como o DropBox .
Espero que isso tenha ajudado.