Bem, quando seu perfil é algo assim para encontrar o gargalo, você precisa eliminar as coisas uma a uma. Você precisará de uma linha de base para obter comparações. Se você tem a ferramenta "ab" instalada (ela vem com o apache), você pode usar isso.
Para obter sua linha de base, recomendo obter a média de pelo menos algumas centenas de solicitações. Aqui está um exemplo:
$ ab -n 400 http://yousite/
Analise os resultados para a linha "Tempo por solicitação", algo parecido com:
Time per request: 96.031 [ms] (mean)
Anote esse tempo, pois esta é a linha de base.
Para descartar o apache como o culpado, faça uma página estática no seu servidor (apenas salve o html de uma página que você considera lenta / lenta) e execute o ab nela novamente.
Jogue algum PHP na página estática. Não tem que ser uma grande quantidade dele, mas deve estar realmente fazendo algum trabalho. O MediaWiki é um código muito bom, então, se houver um afunilamento do PHP em seu sistema, meu dinheiro estaria no carregamento real da pilha do PHP na memória e executaria o teste novamente.
Veja os três números e veja onde o maior salto está entre o próximo passo. Minha aposta seria no MySQL ser o mais lento dos três, mas pode muito bem ser que você esteja carregando muitas imagens em uma página que está reduzindo o tempo total da requisição, caso em que você pode querer repensar o design do MySQL. página.