Isso não resolve o seu problema, mas no futuro, se você fizer
cat /dev/null > /file/you/want/to/wipe-out
você copiará o conteúdo do arquivo com nada e manterá todas as permissões intactas.
Não nginx-speicific, mas Além disso, certifique-se de estar executando o aplicativo como o usuário para o qual ele deve ser executado. Se você já o executou como root, todas as permissões serão de propriedade do root, portanto, outros usuários não poderão executá-lo.