EDIT: Isto foi perguntado e respondido antes: Arquivos diferentes de dois diretórios . Acabei de digitar "diretório diff" na caixa de pesquisa e lá estava.
$ diff -rq DIR1 DIR2
Aqui estão os detalhes:
$ diff --help
[...]
-q --brief Output only whether files differ.
[...]
-r --recursive Recursively compare any subdirectories found.
[...]