O que não está claro sobre isso?
O MySQL cria uma tabela temporária com a nova estrutura de dados, copia os dados da tabela original e, quando tudo estiver terminado, usa a tabela temporária como a principal.
Se isso falhar em qualquer etapa (possivelmente devido ao aborto da instrução ALTER TABLE
), a tabela temporária será excluída e nada acontecerá.