Embora o cenário descrito funcione, a abordagem de "melhor prática" é não executar nenhuma função no host do Hyper-V que não seja o Hyper-V; todos os serviços devem ser executados em máquinas virtuais em execução no host do Hyper-V.
O hardware que você descreve deve ser mais do que capaz de executar três hosts do Hyper-V; especialmente porque um DC dedicado para 13 usuários exigiria recursos mínimos de disco e memória.
A melhor opção seria obter uma única licença Windows Server 2008 R2 Enterprise ; Isso permitiria que você instalasse a função Hyper-V no hardware, bem como até quatro instâncias virtuais adicionais do Windows Server 2008 R2 em execução no host do Hyper-V sem custo adicional de licenciamento.
Se, no entanto, você planeja usar licenças existentes para seu aplicativo e servidores de arquivos, outra opção seria instalar Hyper-V Server 2008 R2 no hardware para hospedar seus servidores virtuais. O Hyper-V Server é gratuito para download e uso; no entanto, nenhuma licença está incluída, portanto, qualquer máquina virtual que você criar deve ser licenciada individualmente. O Hyper-V Server é baseado no Server Core, portanto, o espaço ocupado e a área de superfície exposta são muito pequenos. A interface do usuário fornecida com o Hyper-V Server ajudará na configuração da máquina para gerenciamento remoto; Nesse cenário, você criará e gerenciará máquinas virtuais no Hyper-V Server usando o MMC do Gerenciador Hyper-V em sua estação de trabalho. (A Microsoft fornece boas informações sobre esse tópico no Introdução do Microsoft Hyper-V Server 2008 R2. Guia )