Os erros que você obteve sugerem que seu sistema de arquivos é mais recente que o suportado pelo kernel (provavelmente um ext4 em um kernel que suporta apenas ext2 / 3). Algumas AMIs dependem de uma AKI não padrão (Amazon Kernel Image) para fornecer certos recursos.
Neste caso, o procedimento que você seguiu parece correto, portanto, quando combinado com o erro recebido, há uma boa chance de que as AKIs não coincidam. Verifique o AKI usado pela instância original e compare-o com o da nova instância. Se eles não corresponderem, especifique explicitamente o AKI no momento do lançamento. (Você também pode criar manualmente a AMI e, ao fazer isso, especificar a AKI naquele momento, para que seja necessário especificá-la na inicialização).
Como um aparte, um projeto de AMI melhor usará o PV-GRUB como um bootloader para carregar um kernel da própria AMI (ao invés de requerer uma AKI externa específica), o que simplifica o processo de manter o kernel atualizado. A documentação da AWS nos kernels fornecidos pelo usuário vale a pena ser lida se você quiser implementar isso em sua AMI.