O RAID 0 grava em cada unidade em pequenas faixas de 64kb (ou qualquer tamanho que você configure), alternando as unidades conforme elas ocorrem. JBOD mais comumente concatena um disco para o outro, portanto, o início da unidade lógica é uma unidade física, e a segunda metade é a outra unidade física.
Ambos afetarão o MTBF da matriz; com 2 unidades você dobra suas chances de falha (isso não significa metade do tempo, não é assim que a probabilidade funciona).
Mantê-los independentes significa que, se uma unidade falhar, você só perderá o conteúdo dessa unidade. Se não for terrivelmente inconveniente, eu ficaria separado. Caso contrário, o RAID0 pode ter um desempenho melhor do que o JBOD (dependendo de como o JBOD é implementado).