A primeira coisa que eu penso é que você apagou arquivos. Usando lsof -n | grep deleted
irá ajudá-lo. A saída desse comando mostra alguns arquivos? (talvez você tenha um enorme arquivo de log ainda sendo gravado). Se você tiver arquivos abertos por um processo (um syslogger ou algo parecido com o servidor da Web Apache) que estão sendo gravados, eles podem estar usando muito espaço em disco e a maneira mais fácil será reiniciar o processo de propriedade desses arquivos excluídos.
Se não houver arquivos excluídos, você pode colar a saída de execução tune2fs -l
?