O FCoE não ultrapassa a Ethernet normal, mas requer Data Center Ethernet / Bridging - uma evolução da Ethernet que só é suportada atualmente em um número muito limitado de switches, geralmente de alta qualidade, como Gama Nexus da Cisco.
ESTE é um ótimo livro, surpreendentemente curto, que diria tudo o que você precisa para saber sobre o assunto - eu recomendo.
Em relação à sua pergunta UPDATE, não é uma coisa "desaconselhada", é uma coisa "pacotes não serão formados, então não funcionará". O erro específico que você veria variaria dependendo do seu CNA e de seus drivers, mas essencialmente não há nenhuma conexão L2 / 3 bem-sucedida, e esse é o tipo de erro que você recebe.