Se o binário estiver em /usr/bin/binary e o script invocar o binário sem especificar o caminho completo, mas depender de /usr/bin estar em PATH , então você pode simplesmente adicionar o local do novo binário ao início de o usuário PATH . Coloque algo assim em ~/.bashrc :
PATH=/mount/new_version:$PATH
Por motivos de segurança, os scripts geralmente especificam o caminho completo dos binários para evitar esse tipo de coisa.