O NTFS no Ubuntu é implementado usando o FUSE (Filesystem In Userspace, veja link ). Assim, a entrada e saída de arquivos e os metadados precisam ser transferidos entre o kernel e o espaço do usuário, o que pode criar comutação de contexto e consumirá mais CPU do que um sistema de arquivos baseado no kernel nativo. Algumas evidências mostram que o NTFS usando FUSE é semelhante em desempenho a outros sistemas de arquivos baseados em FUSE (como o ZFS) e há relatos de que o NTFS baseado em FUSE consome mais CPU do que o equivalente no Windows.