Sim, você pode usar seu DC como um servidor de licenciamento RDP. Eu faço isso sozinho. No entanto, depois de um tempo, comecei a pensar que deveria ter criado uma VM de propósito único, mas não por causa de algum problema, apenas um futuro previsível em que ela liga essa função ao meu controlador de domínio. Mas eu não tenho nenhum problema com isso, particularmente.
Então, minha recomendação é que, embora seja possível, eu digo manter cada servidor fazendo uma coisa, tanto quanto possível. Uma referência sobre isso (além da minha experiência) é o livro Practice of System and Network Administration.
Quanto ao DC e ao RDP - esse não foi o objeto da sua pergunta, mas você mencionou isso. Pelo menos em 2008R2, embora não seja recomendado (e eu iria evitá-lo tanto quanto possível), é factível em uma pequena configuração e não é um problema funcionalmente (eu cuidei de alguns sites em tal configuração ). Mas eu ficaria longe de fazer isso.