Os ventiladores normalmente são controlados pelo hardware em resposta à temperatura, então você não precisa se preocupar com isso - se o sistema ficar muito quente, ele acelerará os ventiladores automaticamente.
Você pode configurar lm-sensors para detectar o controlador de ventoinha e o pacote fancontrol para assumir, mas isso não é fácil nem uma boa ideia. Você começaria com a execução de sensors-detect para ver se é possível detectar quaisquer chips reconhecidos e configurar o driver para ele.