Atualização: não sei nada de xen. Mas existem muitas páginas disponíveis que discutem sua situação.
Aqui está algo que encontrei:
By default, XenVMs have their clocks synchronized to the XenEnterprise Server that hosts them and will ignore requests to adjust the time made by an ntp daemon if one is running. If you want a XenVM to have an independent clock, log on to its Text Console and issue the command
echo 1 > /proc/sys/xen/independent_wallclock
then run an NTP daemon.
To revert to the default, issue the command
echo 0 > /proc/sys/xen/independent_wallclock
Antes da atualização: provavelmente é um problema de virtualização. Que tipo de software de virtualização você está usando? E quais são as configurações de tempo no host?