Acontece que se você estiver usando o fastcgi você pode contornar isso passando os valores de fastcgi_param .
server {
listen 80;
server_name domain;
# Pass PHP scripts to php-fastcgi listening on port 9000
location ~ path/to/it {
include fastcgi_params;
fastcgi_pass 127.0.0.1:9000;
fastcgi_param FOO "bar";
}
}