O FastCGI tecnicamente permite a multiplexação duplex, enquanto a SCGI não permite (nem mesmo a multiplexação unidirecional). O SCGI é adequado para sites pequenos com baixo tráfego, onde cada solicitação é tratada totalmente uma por vez após a conclusão e, por sua vez.
O FastCGI é mais comum que o SCGI, em outras palavras, o protocolo FastCGI é mais um padrão do que o SCGI. A data da última revisão do protocolo FastCGI, não implica nada de errado, não há problema em não atualizar um protocolo que não é necessário.
Se eu puder, eu diria que comparar FastCGI e SCGI, é como comparar XML e um formato de serialização personalizado como JSON ou sua variante LISP. Algumas pessoas reclamam que o XML é muito complexo e criou seu próprio formato, considerado mais simples, mas que se mostra mais complexo do que XML, já que as coisas escalam um pouco em tamanho ou complexidade. Similarmente com FastCGI vs SCGI.
O FastCGI é tecnicamente mais resiliente e robusto, e essa é provavelmente a razão pela qual ele é mais amplamente implementado que o SCGI.
Dito isto, o SCGI ainda é pelo menos melhor do que o CGI (o lançamento clássico de um processo por solicitação).