Se eu não estou confundindo, você pode apenas mudar o caminho para o site (não o diretório virtual), para que o site aponte diretamente para a pasta raiz.
Em geral, suponha que seu website siga a seguinte hierarquia:
d: \ Root \ Sample
Então, se você apontar o site para D: \ Root,
então você terá uma pasta chamada Sample listada como uma pasta em seu website.
Se você fizer isso para apontar d: \ Root \ Sample, então ele deve estar exibindo os arquivos / pastas internos da sua pasta de amostra.
Não tenho certeza se você deseja alterar as configurações do seu website padrão. Se este é o único site que você vai hospedar, então você pode muito bem fazê-lo. Sua pasta padrão do IIS não será mais c: \ inetpub \ wwwroot - que geralmente tem a maioria das configurações feitas de antemão para permitir que qualquer página da Web seja colocada aqui, como lidar com as permissões de acesso.