Sim. Existem problemas de disponibilidade, velocidade, confiabilidade, manutenibilidade, etc., mas os scripts de inicialização podem ser escritos da maneira que você quiser.
Como está implícito em sua pergunta, o sistema de arquivos / usr deve ser montado antes que você possa usar os intérpretes que residem nele.
Existem módulos Perl apenas para esta tarefa. Um exemplo é o Daemon :: Control , há muito mais para o Perl, assim como para os outros idiomas.