Pessoalmente, eu usaria o rsync como uma preferência. Configure o servidor externo com rsync (lá, por padrão, no Linux, Deltacopy no Windows. É possível então instalar o cliente Deltacopy em qualquer máquina Windows que você deseja fazer backup, e enquanto o primeiro backup vai demorar muito tempo, os posteriores serão muito rápidos.
Se você não está feliz no Linux, ou não tem a opção de configurar um servidor rsync; então o FTP é provavelmente sua melhor opção. Eu usei Cobian no passado (gratuito, costumava ser open source) - ele suporta / backups incrementais / diferenciais, e tem opções para manter várias cópias de timestamp. Se o servidor não for confiável, ele também poderá criptografar os arquivos para você.