O Gnome usa um Gerenciador de Sessões ( gnome-session
) para acompanhar o que precisa fazer. Ele é responsável por abrir toda a sessão, todos os subprocessos, restaurar o estado e salvá-lo quando você faz logout.
O GNOME fornece ferramentas para permitir que seu aplicativo seja executado sem problemas de uma sessão para outra. Os usuários podem fazer logout com aplicativos em execução e ter esses aplicativos totalmente restaurados quando fizerem login novamente. - de a Biblioteca de Documentação do Gnome
Entre outras coisas, o gerenciador de sessão tenta manter sua instância do Nautilus em execução. O Nautilus tem que se registrar com o gerenciador de sessão para isso - o que ele faz por padrão; naturalmente, há uma opção de linha de comando para desativá-lo:
nautilus --sm-disable
Você pode matar um processo do Nautilus em execução, executando:
killall -9 nautilus