Minha sugestão é fazer backups de tudo e restaurá-lo no novo servidor. Ou seja:
- Despeje bancos de dados e restaure-os no novo servidor
- Copiar servidor da Web, banco de dados, configurações de e-mail no novo
Claro, isso requer um pouco de tempo de inatividade. Há algumas coisas que você pode fazer para diminuir o tempo de inatividade:
- Faça um rsync anterior para todos os dados de e-mail, depois de tudo configurado e testado, pare o serviço no servidor antigo, rsync apenas os novos dados e inicie o novo servidor.
- Use a replicação do mysql para manter os dados em ambos os servidores até o momento de 'alternar'
- A abordagem rsync pode ser usada com todos os outros dados (até mesmo o db, mas sugiro que você use um dump ou replicação para minimizar a escolha do erro).
Lembre-se também de que esse é um procedimento que precisa ser cuidadosamente planejado e executado ou que a perda de dados pode acontecer.