Sim, esta é uma confusão compreensível. Eu relatei isso como um bug e ele foi corrigido em 11.10. "Remote Desktop" no Ubuntu não é a mesma coisa que no Windows. É destinado a compartilhar sua área de trabalho em execução com outra pessoa. Em 11,10, foi renomeado para "Desktop Sharing" para refletir melhor isso. Ele também usa outro protocolo, o VNC, portanto, se você quiser se conectar ao seu desktop compartilhado a partir do Windows, precisará instalar um visualizador VNC. Há muitos deles para escolher.
Também é possível se conectar ao Ubuntu usando o cliente interno do Windows. Você precisará instalar o xrdp, mas a última vez que tentei, não foi fácil.