O próprio Docker deixa isso claro: é esperado que você execute um único processo por contêiner .
Mas, suas ferramentas para lidar com contêineres vinculados deixam muito a desejar. Eles oferecem docker-compose (que costumava ser conhecido como figo), mas os meus desenvolvedores relatam que é mimado e, ocasionalmente, perde o controle de contêineres vinculados. Ele também não escala bem e é realmente adequado apenas para projetos muito pequenos.
Agora, acho que a melhor solução disponível é o Kubernetes , um projeto do Google. O Kubernetes também é a base da versão mais recente da Openshift Origin , uma plataforma de PaaS, bem como do Google Container Engine, e provavelmente de outras agora. Se você estiver usando o Kubernetes, poderá implementá-lo facilmente.