Resposta aproximada:
Suponho que você esteja usando o Unity. Eu não testei isso, mas acho que
gsettings set com.canonical.unity-gtk-module blacklist "['emacs25']"
deve resolver parcialmente o problema - seus emacs compilados não usarão mais o Menu Global, mas seu próprio menu, que deve ser melhor comportado.
(Possivelmente, primeiro execute:
gsettings get com.canonical.unity-gtk-module blacklist
para garantir que a lista esteja vazia para começar e você não está atingindo nada.
Breve explicação:
emacs24
dos repositórios padrão tem uma lista negra codificada, mas isso não é transferido para emacs25
.
Nota: você pode precisar usar o utilitário xprop
para determinar o "WM_CLASS" da sua janela do emacs e usar isso em vez do emacs25.