Se você não estiver usando aplicativos da web que são empacotados com o seu SO (ou você instala no local), você pode ignorá-lo com segurança.
Exemplos de coisas que podem estar lá incluem bibliotecas PHP comuns (como ADODB etc), frameworks como Zend, programas como Cacti, Nagios, Cups, etc. podem estar todos lá.
Não há, é claro, nenhum dano em comentar este código se você não acha que seu aplicativo o usa, e adicioná-lo de volta se você obtiver erros no seu log da natureza que ele não pode ler arquivos lá .