Você deve ser capaz de usar o que você tem nesse arquivo de configuração para o namespace launchconfiguration, mas você precisa das aspas simples ao redor do namespace e do valor como você tem nas 2 primeiras que estão funcionando.
- namespace: 'aws:autoscaling:launchconfiguration'
option_name: InstanceType
value: 't2.micro'
- namespace: 'aws:autoscaling:launchconfiguration'
option_name: SecurityGroups
value: 'sg-ys75dfs2'
Além disso, lembre-se de procurar erros com logs eb se estiver usando o eb cli 3.x. Espero que ajude.