Não há funcionalidade generalizada para fazer o que você está procurando. Devido à natureza modular da Diretiva de Grupo e das extensões do lado do cliente (CSEs), também não pode haver uma solução generalizada, per se. (Alguém poderia escrever manipuladores de "mesclagem" para todos os CSEs padrão da Microsoft, mas qualquer CSE de terceiros seria seu próprio problema.)
Arquiteturalmente, a Diretiva de Grupo pode ser estendida para lidar com novos tipos de configurações. No lado do cliente, esses CSEs são DLLs que manipulam a análise dos dados da política para cada tipo diferente de política (Política do IE, Política de Segurança, Modelos Administrativos / Registro, etc). No lado do servidor, o console de gerenciamento é extensível para permitir que terceiros criem ferramentas de gerenciamento para seus dados de política. Não há formato padronizado para armazenamento dos dados do CSE no GPO. Política de registro usa um arquivo de seção do Registro, a diretiva do IE usa um arquivo de modelo do IEAK, etc.
A Microsoft não pensou em exigir que as interfaces administrativas do CSE de diretivas de terceiros tivessem a funcionalidade "mesclar", portanto, não exigem. Chame isso de míope, mas é assim que é.
Que tipo de coisa está em seus GPOs além da política de registro que precisa ser consolidada? Dependendo do que você é capaz de escrever algum código (ou pagar alguém para escrever algum código) para fazer o que você está procurando.