O comando ifconfig não se destina a configurar nada além da interface em si, portanto nenhum gateway está envolvido.
Quando você executa ifconfig down , o gateway é removido pelo kernel porque vê que ele não é mais válido.
Quando você executa ifconfig up , o kernel não pode adivinhar nada sobre o gateway.
Você deve usar seu comando específico de distro para up da interface (por exemplo, com o Debian isto é ifup eth0 ), ou use explicitamente o comando route .