Esta é uma questão simples de roteamento. Sua tabela de roteamento não possui rotas para direcionar o tráfego pela interface tun0, então nada é encaminhado dessa maneira.
Eu entendo que você está usando o OpenVPN. Tanto quanto sei agora, o suporte IPv6 para o OpenVPN não inclui um equivalente IPv6 da opção redirect-gateway . Você provavelmente precisará adicionar suas próprias rotas com instruções route-ipv6 empurradas do servidor.