Que tal clicar com o botão direito do mouse em cada diretório pai, ir para Propriedades, depois na guia Segurança, clicar em Avançado e, em seguida, clicar em Alterar Permissões e marcar essa caixa de seleção " Replace all child object permissions with inheritable permissions from this object
"?
Se você tiver vários diretórios pai e desejar criar scripts em vez de fazê-lo manualmente:
icacls "c:\parentDirectory\*" /q /c /t /reset
O Shoud tem o mesmo efeito que clicar na caixa de seleção Replace all child object permissions with inheritable permissions from this object
.