Não há basicamente nada que você não possa configurar usando a linha de comando do Windows atualmente. Há o netsh para gerenciar interfaces de rede e o firewall, por exemplo, e o appcmd para manipular uma instância do IIS.
Usando o Powershell (que atualmente exclui o Server Core) ainda mais opções estão disponíveis, como um cmdlet Add-Computer para unir uma máquina ao domínio com opções adicionais sobre a netdom antiga.
Se você se deparar com algo que não pode ser feito a partir da linha de comando, provavelmente haverá uma ferramenta de terceiros para fazer isso - ou você poderá fazer o seu próprio conhecimento sobre o que realmente cutucar no sistema -específicos ou configurações de registro).
WinRM
Desde o Server 2008 / Vista você tem Gerenciamento Remoto do Windows , que é Implementação da Microsoft do padrão de serviço web aberto WS-Management que usa SOAP e, portanto, pode ser protegido com TLS / SSL e um número de opções de autenticação.
O CMD e o Powershell podem invocar o WinRM para executar coisas em máquinas remotas, para que seja fácil de criar scripts. Tanto quanto me lembro, o WinRM também pode ser instalado em máquinas XP e 2003 - e pode ser usado para gerenciar outras plataformas que implementam o WS-Management, como o Linux rodando OpenWSMan .
Telnet
Não habilitado por padrão (nem mesmo o cliente, felizmente!) mas pode ser se você quiser.
ferramentas de terceiros
Parece uma das opções mais populares - ferramentas como psexec ou servidores SSH de terceiros estão disponíveis se o seu barco flutuar.
Fatos de gestão
Qualquer solução de gerenciamento decente permitirá que você manipule milhares de hosts do Windows com apenas alguns cliques em uma ferramenta de cliente confortável. A série Microsoft System Center é provavelmente a mais conhecida, mas as outras grandes que espero que alguém possa editar aqui.
Ferramentas de interface do usuário para administração ad hoc
A maioria, se não todas, as ferramentas administrativas encontradas em uma máquina Windows podem se conectar remotamente a outro host do Windows para gerenciamento ad-hoc. Se você instalar os recursos do RSAT em uma área de trabalho do Vista ou do Windows 7, obterá a maioria das ferramentas de interface do usuário padrão para gerenciar o AD, a infra-estrutura, a replicação, o Hyper-V e assim por diante, sem necessidade de abrir uma sessão interativa com os servidores em questão .
Área de trabalho interativa
Usando a Área de Trabalho Remota, você obtém uma sessão interativa no servidor que pode ser configurada para ser tão segura quanto qualquer solução SSH ou outros. Na minha opinião, usar a Área de Trabalho Remota para um servidor Windows é fora do comum. Se você deve fazer isso, então há algo errado (e sim, coisas às vezes erradas, então nada de errado com isso, trocadilho não intencional) que você está consertando enquanto faz isso.
As ferramentas da interface do usuário e a área de trabalho interativa podem ser automatizadas de forma grosseira usando o AutoIT ou algo semelhante - se você realmente quiser colocá-lo no absurdo ^^