Nós originais rodamos o Collabnet no Windows por cerca de 12 meses, e depois o trocamos para um sistema Linux SVN. Em seguida, dividimos os repositórios em dois sistemas separados - um executa o Ubuntu e outro executa o Windows Server 2003 R2.
Não há absolutamente nenhuma diferença entre eles, ambos executam a integração do Active Directory brilhantemente, ambos são da VM e são tão rápidos quanto um ao outro, e nenhum de nossos usuários teve problemas com nenhum dos sistemas.
Então, vá com o sistema operacional que você conhece melhor.