Tente usar o comando VBoxManage:
VBoxManage list runningvms
Qual é o nome da VM que você deseja desativar. Por exemplo:
"rails_1366055054" {8144df4b-941f-40d6-ba5f-6e83d398ffd3}
Para encerrar esta VM, você executa
VBoxManage controlvm "rails_1366055054" poweroff
Observe que este aviso só se aplica ao usar o provedor do VirtualBox.