limpeza de pacotes no yum-utils lhe dará uma lista de pacotes que não são mais usados. Ele não pode removê-los automaticamente, embora seja simples usar a saída em um script que fez isso.
Você também pode procurar em um plugin do yum chamado remove-with-leaves. Eu nunca usei isso, então eu não tenho certeza da sua compatibilidade com a versão do yum no CentOS 5. Além disso, as pessoas parecem ter muitos problemas devido aos resultados de uma pesquisa rápida no google.