Honestamente, a Política de Grupo é feita para configuração gerenciada e provavelmente pode ser aproveitada para o que você deseja. (Não foi inventado apenas para gerenciamento de desktop.) Você pode gerenciá-los com Chef / Puppet / CFEngine, mas parece-me que o Windows é um cidadão de segunda classe no Chef.
Chef e Puppet são escritos com a mentalidade * nix de "tudo é um arquivo", e o Windows raramente é assim.