A partir do que você descreve, eu acho que você tem arquivos de texto com quebras de linha depois de uma largura fixa, o que vai ficar feio em uma janela que é pequena para essa largura. Certo? Se assim você poderia usar
cat mytextfile | tr "\n" " " > mynewtextfile
para remover todas as novas linhas. Não existe realmente uma maneira de um programa decidir quais são "necessárias" e quais não são.
Se você quiser manter todas as novas linhas duplas que podem marcar parágrafos reais, tente algo assim:
cat myfile | tr "\n" "#" | sed s/"#\([^#]\)"/""/g | tr "#" "\n" > mynewfile
... assumindo que você não possui nenhum # significativo no texto (pode usar outro caractere simulado em vez disso, se for esse o caso).
Outra possibilidade pode ser salvar versões HTML de, por exemplo, link e edite-os em um programa apropriado.