O Windows é um pouco famoso por ter um e apenas um sistema de arquivos, o NTFS. Eu também não consegui descobrir nada que sugira que o NTFS tenha checksumming. O mais próximo que cheguei é um documento que descreve a soma de verificação que protege os blocos da GPT em um disco dinâmico. O documento "O que há de novo em 2008" não mostra nada parecido com o NTFS ( link ).
O EXT4 usa a soma de verificação de diário, mas não a soma de verificação de dados.
O GPFS também faz checksum de diário.
A ideia é nova o suficiente, ainda não está em muitos sistemas de arquivos. O Btrfs ainda é 'experimental' no Linux, e o ext4 está recentemente fora desse estado.